No novo game, Mario deve lidar com um grande desafio: ajudar os habitantes de Prism Island a trazer um pouco mais de colorido às suas vidas. Por algum motivo que evidentemente caberá a você descobrir, o local está perdendo sua vida (por vida, entenda cores), o que leva o bigodudo a usar um martelo especial chamado Paint Hammer para evitar que isso aconteça.
Porém, o encanador não poderá sair batendo por aí espalhando cores como quiser. Há um medidor que mostra as reservas de tintas vermelha, azul e amarela, e será preciso pensar em qual delas usar para liberar o seu caminho ou receber brindes variados.
Quanto à navegação entre áreas, esta ainda vai acontecer em um mapa (como nos games de plataforma estrelados pelo personagem), e o sistema de batalha manterá os elementos de combates por turnos.
