Sim. Há uma escolha de em que partição queres instalar na instalação na maioria dos Sistemas Operacionais.
Durante a instalaçao o proprio Sistema vai te dar essa opção e vc faz a sua escolha
Patrick,
Lá no começo você escolhe qual participão é para instalar se deixa criar alguma nova e tudo mais.
Nem sempre, as vezes o disco não esta divido! Daí é preciso criar a partição,
Veja esse tuto:
http://www.baixaki.com.br/info/869-como-criar-particoes-no-hd.htm
Fonte: Eu, eu msm e Baixaki