Até agora o melhor gratuito é o Format Factory, suportando até o formato RMVB. Tem alguns banners nele mas é inofensivo.
Um pago que usei e é bom é o AVS Video Converter.
Ambos são encontrados no Baixaki na seção Imagem e Vídeo.
Any Video Converter, free,simples e rápido
http://www.baixaki.com.br/download/any-video-converter-free.htm
Eu uso o SUPER, é o melhor conversor de vídeo gratuito. Suporta um total de 21 formatos de vídeo, 7 de áudio e ainda conta com conversão de vídeos para GIF. Tem uma enorme quantidade de formatos de saída (mais de 40!). Você pode configurar vários parâmetros dos arquivos e muito mais. Baixem e vejam vocês mesmos, não se arrependerão!
http://www.baixaki.com.br/download/super.htm
eu acho que o total video converter arraza
e unica coisa ruim é que é pago = /
Cara você pode responder manualmente.
tipo video.avi
você quer transformar para MPEG
vc renomeia o arquivo para video.mpeg.
mas você pode usar o mediaCoder é o melhor na minha opinião:
http://www.baixaki.com.br/download/mediacoder.htm